Malaui ha estado poblado durante milenios sobre todo cerca de lago Malaui donde se han encontrado restos de la Edad de Piedra y la de Hierro. Restos de homínidos y de utensilios de piedra se han encontrado en Malaui que datan más de un millón de años, el humano se asentó en las orillas del lago Malaui hace 50 000 o 60 000 años. Los restos humanos data de 8000 a. C. que mostraban características físicas parecidas a las poblaciones actuales del Cuerno de África. En otro yacimiento, de 1500 a. C., los restos poseen características parecidas a las de los bosquimanos.
Los primeros migraciones bantúes se produjeron en el primer milenio d. C., posteriormente se formaría el reino llamado Maravi, "luz reflejada" lo que quizás se refería a que estaba situado a orillas del lago Malaui
Misioneros portugueses alcanzaron el área en el siglo XVI, pero el primer occidental importante en explorar la zona, sobre todo las orillas del lago Malaui fue David Livingstone.